2008年新《企業所得稅法》實施后，國務院出臺的關于經濟特區過渡性稅收優惠政策主要有：一是自2008年1月1日起，原享受低稅率優惠政策的企業，在新稅法施行后5年內逐步過渡到法定稅率。其中：享受企業所得稅15%稅率的企業，2008年按18%稅率執行，2009年按20%稅率執行，2010年按22%稅率執行，2011年按 24%稅率執行，2012年按25%稅率執行；二是對經濟特區內在2008 年1月1日(含)之后完成登記注冊的國家需要重點扶持的高新技術企業，在經濟特區內取得的所得，自取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，第一年至第二年免征企業所得稅，第三年至第五年按照25%稅率減半征收企業所得稅。

　　新《企業所得稅法》實施以來，原享受優惠稅率的島外企業應計算因稅率差而新增的稅負，實行“即征即退”，2008及2009年度，廈門地稅局共為符合條件的島外企業辦理即征即退稅款1.6億元； 2008及2009年度在島外轄區新設立的高新技術企業，不得享受上述高新技術企業優惠政策。經濟特區由島內擴大到全市后，符合條件的島外企業可望直接享受特區過渡期優惠政策；在島外新設立的高新技術企業均可享受“兩免三減半”過渡性優惠政策。這將在一定程度上減輕企業稅負，對廈門增強招商引資吸引力、促進高新技術企業發展起到積極作用。